Fordelene med just-in-time (JIT) produksjonsstrategi er godt dokumentert, men det kan også ha noen alvorlige ulemper. Hovedproblemet med denne produksjonsprosessen er dokumentert i navnet. "Just in time" betyr at suksessen til denne forretningsstrategien i stor grad avhenger av presis koordinering mellom virksomheter og deres leverandører for å sikre rask levering. Fordi det ikke er noen lagerbuffer, kan virksomheten lide veldig hvis noe av produksjonselementene blir forsinket.
Produksjonsstrategien for JIT betyr at virksomheter ikke produserer varer for salg før de har blitt bestilt av kunder, noe som betyr at varelageret er lite eller ikke-eksisterende. Selv om lavt lager kan være gunstig for et selskap på en rekke måter, krever det å drive en virksomhet på denne måten en god del koordinering. Fra å skaffe råvarer som trengs for produksjon til å sikre rettidig levering, må alle aspekter av JIT-produksjonen synkroniseres. Dette betyr ofte at virksomheter må investere i implementering av informasjonsteknologi for å muliggjøre automatisk varsling til leverandører når bestillinger mottas.
Under standard lagerbaserte produksjonsmodeller legger virksomheter inn store bestillinger på materialer fra grossister, og mange varer kan produseres fra en sending. Når produksjonen tømmer den første forsendelsen av råvarer, blir en annen ordre sendt, noe som skaper en praktisk tidsbuffer. Produksjon på etterspørsel betyr at selskaper må finne leverandører som er villige til å oppfylle små, hyppige ordrer på veldig kort varsel, noe som ofte betyr å bruke lokale leverandører for å redusere leveringstid og utgifter. Uten varebeholdning eller materialer kan noe problem med forsyningskjeden føre til forsinkelser i leveransen og sinte kunder. En plutselig økning i prisen på råvarer på grunn av problemer med materialinnkjøp, mangel, naturkatastrofe eller politisk omveltning (kalt forsyningssjokk) kan også utgjøre en alvorlig trussel for selskapets evne til å betjene sine kunder effektivt.
Fordi JIT-produksjonen helt er basert på eksisterende ordrer, er det ikke det mest effektive systemet for å håndtere det uventede. Et selskap som bruker denne strategien kan være dårlig utstyrt til å håndtere en plutselig økning i etterspørselen etter et produkt. Mangelen på sikkerhetskopieringsbeholdning betyr at kunder må vente på at selskapet skal motta forsyninger og produsere produktet. Dette kan bety utvidede forsinkelser, misfornøyde kunder og potensielt tapping av deler av ordren hvis det oppstår problemer med forsyningskjeden.
Manglende evne til å oppfylle store ordrer på rett tid kan koste en virksomhet penger, men det er andre skjulte utgifter som ligger i JIT-strategien som er like viktige, men mindre dramatiske. Å produsere varer for salg i mindre mengder betyr å bruke mindre per forsendelse av råvarer, men det kan faktisk ende opp med å koste et selskap mer. Virksomheter som har høye produksjonsnivåer drar fordel av stordriftsfordelen: når produksjonen øker, reduseres faktisk de gjennomsnittlige kostnadene for å produsere hver enkelt vare. Dette er delvis fordi store grossistkjøp ofte har store kvantitetsbaserte rabatter. Bedrifter som bruker JIT-produksjonsstrategi, kan betale mer per vare fordi de må foreta mindre, hyppigere ordrer som ikke kvalifiserer for denne typen prisavbrudd. Ekstra frakt- og leveringsomkostninger som følger med hyppigere bestilling kan også ha en viktig innvirkning på bunnlinjen, så vel som for miljøet.
