Når en hovedstol i et S-selskap betaler penger i virksomheten, eksisterer det enormt forskjellige skattemessige konsekvenser avhengig av om betalingen betraktes som et lån eller klassifiseres som et tilleggsinnskudd av innbetalt kapital. Lån tilbakebetaling fra S-selskapet til hovedstolen anses vanligvis ikke som inntekt til rektor. Imidlertid, hvis den første utbetalingen ble betraktet som ekstra innbetalt kapital, kan etterfølgende utbetalinger til hovedstolen betraktes som utbytteutdeling eller lønn, som deretter er skattepliktig for hovedstolen og til og med kan omfatte selvstendig næringsdrivende skatt.
For at hovedstolens betaling til et S-selskap skal behandles ordentlig som et lån, krever Internal Revenue Service eller IRS, at det foreligger en godkjent avtale mellom S Corporation og hovedstolen. Hvis ingen slik avtale eksisterer, kan lånet anses som ekstra innbetalt kapital av skattemyndighetene. Elementer av en godkjent avtale om gjeld inkluderer elementer som:
1) En skriftlig avtale eller gjeldsbrev mellom S-aksjeselskapet og hovedmannen
2) En rimelig rente på lånet
3) Noen form for sikkerhet for lånet
4) En nedbetalingsplan for lånet
Det overordnede temaet i denne bestemmelsen er en ekte låneavtale som må settes inn der utlåner, som i dette tilfellet også er oppdragsgiver, har all normal beskyttelse av en utenforstående långiver. Hvis slike beskyttelse ikke eksisterer, kan midlene anses som "i faresonen." Dette er det samme som med andre investeringer eller bidrag til et næringsliv. Fra S-aksjeselskapets perspektiv, bør mottak av hovedstolens midler bare klassifiseres som gjeld hvis en ekte gjeldsavtale er på plass. Hvis ikke, skal mottatte midler som standard registreres som ekstra innbetalt kapital.
Siden S-selskaper er gjennomstrømningsenheter, innregnes skatteeffekten av virksomhetens nettoinntekt eller -tap på hovedstolenes individuelle selvangivelse. Rektorene er ansvarlige for å spore deres personlige aksjegrunnlag og gjeldsgrunnlag i virksomheten. S selskapets gjennomføringstap kan bare trekkes opp til mengden grunnlag som eies av hver hovedstol. Omvendt regnes S-selskapets gjennomføringsinntekt utover grunnlaget som skattepliktig inntekt. Selv om S-aksjeselskapet ikke selv er ansvarlig for å spore aksjegrunnlaget og gjeldsgrunnlaget til eierne, bør det fremdeles tydelig avgrense kapitalbidrag fra lån, slik at årsregnskapet er korrekt. Eventuelle feil i S-selskapets årsregnskap kan føre til at K-1'ene som ble utstedt til aksjeeierne, er uriktige. Det er også av stor betydning at det eksisterer tydelig kommunikasjon mellom ledelsen i S-aksjeselskapet og hovedstolen som bidrar eller låner penger til selskapet.
